První písemná zmínka o Nevojicích je z roku 1353. Podle názvu však založení obce spadá do 11. až 12. století. V průběhu staletí se střídali její majitelé. Po Jindřichovi z Nevojic, který je zmíněn ve výše uvedeném roce, to byl koncem 14. století Jakub Konček z Prus, později v 15. století páni z Ojnic. V roce 1511 koupil Tas z Ojnic, tehdejší majitel Nevojic, městečko Bučovice, a od té doby sdílely Nevojice stejné vlastníky jako Bučovice. Tasova dcera Anna přinesla v roce 1533 věnem bučovické panství Václavovi z Boskovic. Posledním mužským potomkem tohoto vlivného moravského rodu byl Jan Černohorský z Boskovic zvaný Šembera. Jeho dcera Kateřina se v roce 1597 provdala za Maxmiliána z Lichtenštejna, v jehož rodě zůstaly Bučovice i s Nevojicemi až do roku 1848, lesní pozemky do roku 1945.
 

Až do skončení třicetileté války byla obec uzavřenou osadou. Mimo tuto osadu stál pouze mlýn na řece Litavě, později pod hrází mlýnského rybníka. Zanikl po požáru v roce 1891. Ve 2. polovině 17. století se začala osada rozšiřovat směrem na východ výstavbou podsedků a později tzv. hoferských chalup.
 

Po I. světové válce byla založena nová ulice na pravém břehu Litavy kolem tehdejší silnice z Bučovic do Koryčan, postavené v roce 1847. Po II. světové válce až do dnešních dnů se obec dále rozšířila výstavbou nových ulic na východě a jihu obce pod severními výběžky ždánického lesa, kde je v současné době nabídka stavebních míst.
škola v obci je od roku 1785, kdy byla postavena spolu s budovou kaplanky. Nová školní budova byla vystavěna v roce 1889. Nyní slouží jako mateřská škola.
 

Farnost v Nevojicích existovala podle písemných dokladů již ve 14. století. Během třicetileté války zanikla. V roce 1785 byla zřízena tzv. lokální kuracie. Ke znovuobnovení farnosti došlo až v roce 1869. Do farnosti stále patří i sousední osada Letošov, dnes součást obce Nesovice.
 

Na železniční trati z Brna do Vlárského průsmyku byla zahájena doprava v roce 1887. Od roku 1920, kdy byla zřízena železniční zastávka, zde zastavují osobní vlaky. Státní silnice I. tř. č. 50 z Brna do Uherského Hradiště byla dána do provozu v roce 1939. 
Elektrifikace obce byla provedena v roce 1924, plynofikace v roce 1996.
 

Obec byla osvobozena od nacistické okupace 29. dubna 1945. Od listopadu 1990 spravuje obec demokraticky zvolené obecní zastupitelstvo.